1959年1月25日，尹桂芳率“芳华越剧团”全体演职员63人（连家属共100多人），登上了从上海开往福州的第53次列车。她怀着一股热情，毅然举团迁往福建，到八闽之地去继续播撒越剧艺术的种子。
芳华越剧团改建为福州市越剧团。尹桂芳任团长，徐天红任副团长（1960年调往上海越剧院）。主要演员有小生尹桂芳、邢桂芬，老生徐天红、袁少珊，花旦许金彩、戴忠桂、李金凤，小丑高菊英、赵雪芳，大面茅胜奎，老旦谢小仙等。创作人员有编剧陈曼、导演王艳霞、作曲连波（特邀兼职）、舞美设计张坚安等。
该团在福州市安家落户后，即参加福州市文艺界前线慰问团，不畏艰辛地跋山涉水，跑遍了前沿岛屿，对英勇的福建前线三军进行长达半年的慰问演出。演出的剧目有《屈原》《秦楼月》《风雪摆渡》《慰问篮》等。
1962年，剧团回上海，分两队向上海人民作汇报演出。演出的剧目有尹派名剧《盘妻索妻》《红楼梦》及根据闽剧移植的《梅玉配》。在上海演出10个月，盛况不衰。
回福州后归属福建省文化局领导，改名为福建省芳华越剧团。先后排演了许多现代戏及古代剧，如《争儿记》《杨立贝》《南方怒火》《抢伞》《碧水赞》《金山战鼓》《江姐》《武则天》等。其中《江姐》（据同名歌剧移植）是首次实行男女合演的一次大胆尝试。尹桂芳在剧中扮演江姐，成功地塑造了一位革命女英雄的光辉形象。《武则天》也由她反串主演。
1969年剧团被强行撤销，演职员下放农村。1979年8月重新恢复建制，由尹桂芳重任团长。
80年代后期，招收了王君安（小生）、李敏（花旦）等一批青年演员接班。
2019年10月更名为福建芳华越剧院。剧院先后排演过《沙漠王子》《盘妻索妻》《红楼梦》《何文秀》《玉蜻蜓》等数百个剧目。数十年来，“芳华”获得众多奖项。2008年“越剧（尹派）”列入第一批国家级非物质文化遗产扩展项目名录。
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